需要注意的是香菇的采收時間和采收方法。在香菇采收前1天停止向菌棒噴水，以免鮮菇因含水量過高而導致菇面發黑粗糙、品質下降，并且選擇六成開（帶膜）、無病斑、無蟲蛀、圓整、菇蓋直徑在4.5厘米以上的香菇進行采摘，同時要求菇腳少帶或是不帶木屑、泥土，以免降低香菇商品價值。夏菇可在當天早、晚各采收1次；冬菇宜于當天早上采收，此時氣溫較低，菇體新陳代謝緩慢，鮮菇不易開膜，可保證香菇的品質。采摘時手捏菇柄底部，左右轉動，輕輕擰下，切勿碰傷周圍小菇或帶有大塊的菌棒培養料，最后將摘下的香菇集中于一處。
需要注意的是香菇采收后的分級、修整和保鮮前處理。用于保鮮的香菇產品菇腳長度一般留取菇蓋直徑的1/2，因此，必須剪去超出的部分，在剪腳的同時要按產品規格大小分筐存放，并去除有病斑、蟲害、畸形、損傷菇、開傘菇、泥巴菇、爛菇，將曲柄、歪蓋、超規格的菇進行必要的修整。為了延長香菇的保鮮時間，常用適宜濃度的食鹽水或抗壞血酸、檸檬酸為主的食品添加劑配成溶液進行處理，撈起晾干后放入風冷式冷庫中進行預冷排濕。
