鮮菇一經采收，須整齊排放在小型容器內，并盡快送往低溫車間進行整理。
容器的長、寬、高分別為40厘米、8厘米、16厘米，其形狀如周轉箱，底部實板，四周預設直徑2厘米～3厘米的圓孔，底下四角均有內縮插接角塊，以便于碼高多層。鮮菇采收時順頭排放，不使頭尾相接，以免造成污染。低溫車間內溫度為1℃～3℃，可將普通恒溫冷庫改造后利用。鮮菇成箱搬入車間后分開擺放，不得再碼高多層，以便于菇體充分降溫，該環節對于氣溫高于15℃時采收的鮮菇尤為重要。整理的工具為薄片不銹鋼刀或竹片刀以及小包裝封口、打箱設備。
先用小刀將鮮菇基部削凈，去掉泥土、基料等雜物，鱗片多時應一并除去，一般不用水洗，否則會縮短產品貨架壽命。
待菇體內部降溫至3℃以下時即可分裝。一般可用泡沫質地的材料制作成高5厘米左右的單盒，每盒約裝鮮菇150克。若禁銷塑料包裝，可定制紙質盒。雞腿菇一般適宜16厘米×10厘米×4厘米（長×寬×高）規格的包裝，姬松茸適宜15厘米×10厘米×6厘米規格的包裝，真姬菇、楊樹菇等適宜16厘米×8厘米×4厘米規格的包裝。根據鮮菇形態及規格大小確定排放方式，然后封包保鮮膜。將小包裝盒再裝入泡沫保鮮箱內，每箱可裝36盒，用透明膠帶封口即成。
另外，短期貯存和運輸時還可使用冰塊降溫保鮮或冷藏車運輸等方法，冷藏溫度控制在1℃～3℃即可。
