1. 玉木耳菌包入棚后根據當時天氣及菌棒生長情況確定是否擺垛。如果天氣晴朗，菌棒狀態良好，菌絲潔白，無離皮現象，可以直接開口無須擺垛。
2. 菌包擺放在地面覆蓋物上，擺放4～5層高，兩垛為一組，組成雙排菌垛，同一垛菌包間距2厘米，同一組菌垛袋底間距10厘米左右。
3. 邊碼菌垛邊蓋塑料布，注意保溫保濕。
4. 碼垛時注意，將少量未長滿的菌包置于菌垛上方。
5. 擺完菌垛后及時降棚膜保溫。
6. 挑出菌包，分類處理，統計數量。
①漏接，菌種未存活的無污染菌包，由管理人員檢查完畢后運回生產車間。
②其他不能做出菇棒的污染包，由管理人員檢查完畢后運回廢料場。
③有污染但可以做出菇棒的菌包，集中放在基地指定大棚內等待進一步處理。
④3厘米以上未長滿的菌包，運回養菌房繼續培養。
