1. 當玉木耳菌棒菌絲完全長滿，離皮恢復，菌絲潔白粗壯，可以開始打眼。
2. 菌包上打18排一字眼，深4～6毫米，要求每排眼之間距離和眼大小均勻一致。打眼時要將機器調整到適當的松緊度，齒輪與菌包既不可太緊，導致離皮，也不可太松，使扎眼的大小和深度不夠。
3. 將漏接、未長滿、污染的（如果菌袋部分出現鏈孢霉，可在分生孢子團上滴上柴油或用柴油涂擦， 輕拿輕放，裝到袋子里，以防止鏈孢霉的擴散）菌棒要即時挑出，并分類處理，禁止給污染菌棒打眼。
4. 大棚內每打2米遠的菌包，用75%酒精對打眼器齒輪噴灑消毒，注意噴灑時每個齒輪都要噴灑到位。
5.打眼和擺垛要同時進行，擺四到五個高，兩垛為一組，菌棒側面間距1～2厘米，垛與垛間距10厘米。擺完垛后及時蓋上塑料布，避免被陽光直射；安放溫度計，記錄菌包生長情況。
6. 開口和擺垛完成后做好棚內衛生工作。
